EB病毒感染有多样的并发症，主要有以下几类：

第一：血液系统，可以有Coombs试验阳性的自身免疫性溶血性贫血。多出现于病程到一到两周，且大多可在一个月内停止发展，也可以发生粒细胞减少，全血细胞减少或免疫性血小板减少性紫癜。

第二：神经系统，约0.37%到7%的患儿可以出现神经系统的并发症，症状的差异比较大，可以包括脑炎、无菌性脑膜炎、格林巴利综合征等。

第三：消化系统，国外资料显示，80%到90%的EB病毒感染的患儿可以发生肝功能损害。

第四：呼吸系统，偶尔可因扁桃体炎明显的肿大，以及咽部淋巴结组织增生引起的呼吸或者吞咽困难。

第五：心脏的并发症一般不常见，约占1%到6%，电图可见非特异性t波改变。

第六：眼部的改变，可以合并结核膜炎、视神经炎、葡萄膜炎等。

第七：泌尿系统的并发症，可以出现血尿、蛋白尿、肾炎、肾病综合征等。

其他的也可以合并腮腺炎、睾丸炎、中耳炎等。