目前治疗方法均为对症治疗而非病因治疗。对只有甲状腺轻度肿大，无甲低症状及压迫症状、甲状腺功能正常者，可不用药物治疗，应随时追踪观察。

如发生甲低者两次测血TSH增高则必须投用甲状腺粉治疗，仍从少量开始，对3岁以上小儿药量不需增加太快，如果开始足量治疗往往造成甲亢，亦不应擅自停药，应根据复查甲状腺功能情况进行调整。

临床甲状腺功能低下症状消失及甲状腺功能正常，可用维持量，儿童参照原发性甲状腺功能减低症，治疗过程中甲状腺可缩小消失，但也有少数无反应者。甲状腺抗体一般不消失。若慢性淋巴性甲状腺炎出现一过性甲状腺功能亢进不需抗甲状腺药物治疗。可选用普萘洛尔(心得安)10mg/次，3～4次/d和短期应用解痛剂。

目前，不主张用皮质醇制剂，伴有21-三体综合征和自身免疫性多腺体综合征，特别是胰岛素依赖型糖尿病，病人血中甲状腺抗体滴定度随CLT病情发展而增高。