牙齿根部发黑可能是牙结石导致的，也可能是龋病，可以应用药物治疗，也可以通过手术治疗。

1、牙结石：

牙结石是指正在钙化或已经钙化的菌斑及软垢沉积在牙齿表面上，形成原因较复杂，如不注意口腔卫生、唾液黏稠度增大等均可以导致本病发生，患者会出现黄色、棕色或灰黑色牙垢，可伴有牙龈出血等症状，牙结石形成后刷牙不易将其去除，需要进行专业清洁，建议患者及时去医院的口腔科就诊，通过龈上洁治术等方法来清除牙结石。

2、龋病：

龋病又称虫牙、蛀牙，龋病是常见病、多发病，与口腔环境、饮食、自身因素及时间因素等有关，可引起牙痛、牙齿敏感、牙龈肿胀、牙齿外观改变、口腔异味等表现，随病情发展，严重时还可能继发牙髓病、根尖周病等，甚至引起全身系统性疾病，严重影响全身健康，建议患者及时去医院口腔科就诊，需要将牙齿拔除，拔除后可以应用抗生素预防感染，如阿莫西林等。

患者平时要避免吃含糖量过高的食物，少喝碳酸饮料，少吃过硬、过冷、过热的食物，少吃柔软、有黏性的食物，避免对牙齿造成损伤。