痔疮手术三个月后肛门还不舒服可能是细菌感染、痔疮复发、瘢痕疙瘩等引起，可以通过药物治疗、手术治疗等方法恢复。

1、细菌感染：

痔疮手术会在肛门部位留下伤口，如果没有做好局部的护理，可能会导致细菌侵入伤口后引起细菌感染的情况，使患者感觉痔疮手术三个月后肛门还不舒服。需要在医生的指导下服用阿莫西林胶囊、头孢克肟胶囊、盐酸左氧氟沙星胶囊等药物治疗。

2、痔疮复发：

如果在做完痔疮手术以后仍然出现了排便习惯不佳、进食大量刺激性食物等情况，可能会导致痔疮复发，使肛门部位出现瘙痒、异物感、疼痛等症状，也会导致痔疮手术三个月后肛门还不舒服，可以在医生的指导下使用复方角菜酸酯栓、化痔栓、肛泰栓等药物治疗。

3、瘢痕疙瘩：

如果痔疮手术后没有做好局部护理，可能会导致伤口部位的胶原纤维过度增生，使局部出现瘢痕疙瘩，出现痔疮手术三个月后肛门还不舒服的情况，可以选择做激光治疗、冷冻治疗等方法改善。

除了以上的常见原因外，还可能是出现了肛裂、肛周湿疹等情况，需要及时就医治疗。