肛瘘微创手术和普通手术的区别是手术适应症不同，手术创口大小不同。
肛瘘是肛管或直肠周围的肉芽肿性管道，由内口、瘘管、外口三部分组成，内口常位于齿状线上肛窦处，多为一个，外口在肛周皮肤上，可为一个或多个。大部分肛瘘由直肠肛管周围脓肿引起，溃疡性结肠炎、克罗恩病、恶性肿瘤、肛管外伤感染等也可引起肛瘘，此外，不良的生活习惯，如久坐、熬夜等也可引起肛瘘，肛瘘一般不会传染。
一般肛瘘微创手术要求肛瘘患者没有急性感染，通常是在非急性期或者在抗生素治疗一段时间以后，肛瘘的炎症比较轻的情况下才可以应用，而且创面比较小，术后恢复比较快。普通手术相对治疗比较彻底，当肛瘘的程度较重，或症状较严重时通常需要应用普通手术来治疗，从而使病灶组织被切除，普通手术一般创口比较大，恢复比较慢，且术后创面需要引流。
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