间质瘤离肛门3厘米能不能保肛，需要分情况讨论，如果间质瘤体积小于2厘米，并无恶化的情况时，一般能保肛，如果间质瘤体积大于等于2厘米，并且存在恶化的情况，此时一般不能保肛。

间质瘤是源于消化道的间叶组织，具有多向分化潜能的原始间质干细胞及潜在恶性生物学行为的肿瘤。一般是由于遗传、饮食不当等原因引起的，患者可出现吞咽困难，腹部不适，进食梗阻，腹痛，排便习惯改变等症状，一般可通过手术的方式进行治疗。当间质瘤体积小于2厘米，并无恶化的情况时，将间质瘤切除即可，一般不会影响肛门的功能，所以一般能保肛。但是当间质瘤体积大于等于2厘米，并且存在恶化的情况时，会严重影响患者的身体健康，为防止肿瘤的进一步扩散，在手术的过程中需要扩大切除面积，会影响到肛门，此时一般不能保肛。

患者在术后还要注意适当的休息，不可过度的劳累，定期复查等。