在临床上按照感染病原体的种类分类，可以将医院感染分为细菌感染、真菌感染、病毒感染、支原体感染、衣原体感染、立克次体感染、放线菌感染、螺旋体感染以及寄生虫感染等。
目前引起医院感染的病原体以细菌和真菌为主，每一类感染又根据病原体的具体名称而进行分类，如：铜绿假单胞菌感染、白假丝酵母菌感染、柯萨奇病毒感染、肺炎支原体感染、沙眼衣原体感染、羌虫病、立克氏体感染、阿米巴原虫感染等。
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