细菌性肝脓肿是指化脓性细菌侵入肝脏，形成的肝内化脓性感染灶，肝脏管道系统丰富，其胆道系统与肠道相通，增加了其发生感染的可能性。细菌侵入的途径有以下几条：
1，胆道感染，胆道逆行感染，如胆囊炎、胆管炎等，是细菌性肝脓肿的主要病因，占16%到40%。
2，血行感染，包括门静脉系统，与门静脉系统有关或邻近器官的感染，如化脓性的阑尾炎、腹腔感染等，占8%到24%，还包括肝动脉系统，体内任何部位的化脓性疾病，肺炎，亚急性细菌性心内膜炎等，病原菌均可以通过血流，经过肝动脉入肝，引起肝脓肿，其发生率报道不一，最多者可占45%。
3，邻近组织的感染，邻近脏器组织感染，比如阁下脓肿、胃十二指肠穿孔等，通过淋巴系统直接播散到肝脏。
4，直接感染，开放性肝损伤时细菌从体外直接侵入肝脏，较少见。
5，医源性感染。
6，影源性感染。
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