EB病毒DNA检测假阴性的可能性原因有抗原刺激强弱存在异常、检测方法的灵敏度异常。
1、抗原刺激强弱存在异常：
患者感染EB病毒后，病毒会在体内刺激机体产生抗体。但是在EB病毒感染早期，由于病毒在体内含量较低，不足以刺激机体产生抗体来与抗原结合，从而出现DNA检测假阴性的现象。
2、检测方法的灵敏度异常：
不同医院的仪器、检验人员技术不同，如果检测方法的灵敏度较差，也会出现DNA检测假阴性的情况。
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