磁共振适用于各种颅脑疾病的检查，包括绝大部分颅脑先天发育不全或畸形、脑肿瘤、脑血管病、颅脑损伤、脑变性病、脑白质病以及脑部炎症，磁共振均可作出正确的诊断。磁共振对脊柱退行性病变、脊柱及脊髓外伤、椎骨及椎管内肿瘤、脊柱及脊髓先天畸形，均可作出定位及定性诊断。磁共振对骨关节系统的检查具有独特的优点，能够很好的显示肌肉、肌腱、韧带、关节软骨、半月板、滑膜等结构。磁共振能正确评价心脏血管的各种病变，包括先心病、各种后天性心肌病、瓣膜病、心包病变、心脏肿瘤等。磁共振还能发现肝、胰、脾、肾等实质脏器内微小病变，对腹内较大病变也能够做出很好的诊断。磁共振能很好的显示子宫、卵巢、前列腺、直肠、膀胱等结构。磁共振能够直接显示纵隔及肺门的血管结构，有助于评价病变与纵隔及肺门的关系。磁共振还用于乳腺疾病的检查。