小便快要结束时感觉有点痛，几秒钟就消失可能是尿道炎、前列腺炎或者膀胱炎等原因导致，可以通过服用药物治疗。

1、尿道炎：尿道炎是由于尿道黏膜受到炎症刺激导致，通常会出现尿频、尿痛、尿急或者尿道口有灼热感等，会出现上述症状，可在医生指导下服用甲硝唑片、盐酸环丙沙星片或者罗红霉素胶囊等药物治疗。

2、前列腺炎：前列腺炎与饮食、微生物感染或者性生活过于频繁等因素有关，前列腺长期受到慢性刺激会导致腹部疼痛、排尿不适或者前列腺肿大等，在医生指导下服用盐酸左氧氟沙星胶囊、阿莫西林胶囊或者前列舒通胶囊等药物治疗。

3、膀胱炎：膀胱炎一般是由于细菌感染引起，膀胱受到急慢性感染因素的影响通常会出现小便次数增多、尿道口疼痛或者腹部坠痛等，可遵医嘱服用依诺沙星胶囊、头孢呋辛酯胶囊或者呋喃妥因肠溶片等药物治疗。

除了以上原因以外，还有可能是龟头炎等，通过及时正确的治疗症状能够得到有效的缓解。在身体恢复期间还需要多喝些白开水，增加排尿量，可以促进身体代谢。